L'Agence a pour principales missions de planifier en toute indépendance des procédures d'évaluation de la qualité de l'Enseignement supérieur en Communauté française - quelles que soient les institutions concernées (universités, hautes écoles, écoles supérieures des arts, établissements d'enseignement de promotion sociale) - et d'organiser le suivi des évaluations planifiées.
Il ne s'agit pas d'accréditer des institutions ou des cursus, ni de faire un classement des institutions. L'objectif est d'améliorer progressivement les pratiques d'enseignement en mettant en évidence les bonnes pratiques, les insuffisances et les problèmes à résoudre et en suscitant des propositions à adresser aux responsables politiques en vue d'améliorer la qualité globale de l'enseignement supérieur en Communauté française.