Les organes de l'Agence sont le Comité de gestion, le Bureau et la Cellule exécutive. Les décisions de l'Agence sont prises par le Comité de gestion ; le Bureau prépare les décisions du Comité de gestion et assure toutes les missions que ce dernier lui délègue dans son règlement d'ordre intérieur ; la Cellule exécutive est chargée de mettre en œuvre les décisions du Comité de gestion et du Bureau et veille à la bonne organisation des évaluations.
Les membres du Comité de gestion, du Bureau et de la Cellule exécutive s'engagent à respecter le code de déontologie établi par l'Agence.
