Après quelques années d'expérience, il s'est avéré utile, pour un fonctionnement plus efficient et pour une intégration accrue dans le contexte européen, d'adapter les structures et les ressources de l'Agence. Un nouveau décret est adopté en 2008. Il s'inscrit dans le cadre des recommandations des Références et lignes directrices adoptées à Bergen.
Le décret du 22 février 2008 tout comme les Références et lignes directrices pour le management de la qualité sont des textes non normatifs qui visent à inciter les établissements d'enseignement supérieur à développer une culture de la qualité tout en préservant leur autonomie et leur créativité. Dès lors, le choix d'un système pour assurer la gestion de la qualité dans l'établissement est volontairement laissé à l'appréciation des établissements.
Pour information, de nombreux outils existent (exemples : EFQM, TRIS, PROSE, CAF, ISO, EQUIS...) et il appartient à chaque institution de choisir - ou de concevoir - celui qui lui convient le mieux. L'essentiel est que chaque institution se pose la question de la qualité de son enseignement, précise comment elle la conçoit et comment elle la met en oeuvre. L'utilisation d'un outil de la gestion de la qualité contribue à garantir la pérennité des démarches et assure, entre les entités et les services centraux de l'institution, une meilleure articulation.
Les principales modifications apportées par le décret du 22 février 2008 sont :
- l'élection d'un président et d'un vice-président parmi les représentants du Comité de gestion, garantie de l'indépendance de l'Agence
- l'implication renforcée des Conseils de l'enseignement supérieur (rôle d'interface pour la communication entre l'Agence et les établissements, possibilité d'amendement des listes d'indicateurs par cursus, propositions pour l'élaboration et l'actualisation du plan décennal, participation à la sélection des experts potentiels)
- l'élaboration d'un plan décennal des évaluations et son actualisation annuelle
- l'accroissement des moyens (dotation et personnel)
- l'obligation d'assurer un suivi (publication d'un calendrier et d'un plan de suivi des recommandations des experts)
- la publication, pour l'évaluation d'un cursus donné, des rapports finaux de synthèse des établissements visités, du plan de suivi de ces mêmes établissements et de l'analyse transversale
- l'obligation d'une évaluation externe de l'Agence tous les cinq ans.
Le décret de 2008 a maintenu les objectifs et l'esprit de la démarche : amélioration de la qualité par une « évaluation croisée » (interne par les acteurs de l'établissement et externe par les experts indépendants) et évaluation des programmes (premier et deuxième cycle).
L'AEQES n'est pas une agence d'accréditation, elle émet des recommandations pour favoriser le développement d'une véritable culture de la qualité dans les établissements. Le législateur s'est positionné clairement contre le classement des établissements par l'Agence.
